基于表型组和基因组信息的猪育种技术

基于表型组和基因组信息的猪育种技术丁向东中国农业大学，博士生导师国家生猪产业技术体系岗位专家对标国际育种，培育具有国际市场竞争力种猪产业发展战略研讨会，古田，2024.11.15-17内容l基因组信息使用Ø亲子鉴定Ø纯度鉴定Ø血统聚类Ø基因组选择/基因组联合育种l智能表型组Ø体重Ø猪体尺/体温Ø背膘厚、眼肌面积我国畜牧业发展历程小规模饲养后院畜牧业规模化养殖产业化经营小农经济家庭农场/个体户农业工业化快速发展而内卷的时代育种从劳动密集型—资本密集型---技术密集型经验选种科学育种“老太太”育种传统育种效率低分子育种/设计育种SNP芯片基因定向高效我国动物育种发展历程生产性能测定遗传评定获得优良后代选择优秀个体选种选配育种值估计GBLUP /ssGBLUPEBV高铁牛车火车BLUPl高端种猪依赖度高l育种核心群规模大(联合育种体系）Ø育种公司将多个核心场联合l大规模开展规范细致的性能测定l育种目标明确，定期调整l积极采用新一代育种技术Ø基因组选择Ø智能表型测定技术我国与国外育种差距猪脸预测l基因组信息获取容易且低廉ØSNP芯片技术（固相芯片）Ø测序技术（低乘测序、简化基因组、液相芯片）～50000（50K）SNP标记芯片是主流基因组信息测序成本单个样品价格从2010年1200元下降到180元、135元畜牧上应用从遥远变为现实适合不同场景的猪液相芯⽚品种鉴定；亲子鉴定液相1K液相10K基因组早期选种基因组二次选种液相40K全基因组关联分析种质资源评价基因组选择液相50K中国农业大学种业科技代表签约项目202143家企业、科研院所推广3万份品种纯度鉴定l根据1200个杜长大品种特异性SNP位点判断种猪血统Ø基于神经网络算法Ø核心是各品种各品系的基因组数据库某一品种的血统比例判定标准：某一血统比例大于0.75～0.80（最优）判定为纯种，阈值可调整种猪品种鉴定案例纯种大白纯种长白纯种杜洛克有可能是二元猪很有可能是二元猪系谱记录42426174--品种鉴定404239743217判定标准：•某一血统占比＞=0.75，认为是纯种猪•0.6＜某一血统占比＜0.75，认为有可能是二元猪•某一血统占比＜0.6，认为很有可能是二元猪基因组品种鉴定与现场复验吻合血统聚类l系谱错误是经常的，错误率可高达20～30%l根据基因组信息进一步细分家系，为配种提供指导Ø亲缘关系系数小于0.0625